タイトルの通りなのですが、CGI版のPHPを利用する開発サーバのディレクトリで、.htaccessに設定したinclude_pathが参照できないので調べたら、CGI版のPHP（バージョン4も5も）ではこのvalueの設定は無効みたいです。
php.iniと、ソース中のini_setでは問題なく設定できるようです。